W latach 1958-1962 pracował jako nauczyciel w LO im. Ziemi Żuławskiej w Nowym Dworze Gdańskim (wówczas z tytułem magistra). W 1962 roku odszedł jednak na asystenturę PWSP w Gdańsku(chemia). W 1963 roku ukazał się jego pierwszy artykuł w czasopiśmie Chemia w Szkole – temat dotyczył hydrolizy aspiryny, współautorem była Zofia Matysikowa ( nr 3, Warszawa, wyd. PZWS). W latach 1964-1968, kiedy funkcję dziekana chemii PWSP w Gdańsku pełnił doc. dr hab. Gotfryd Kupryszewski 9 osób uzyskało stopień doktora (poza WSP w Gdańsku) -
w tym Zygmunt Warnke w 1966 roku. Kolejny jego artykuł w czasopiśmie Chemia w Szkole ukazał się w 1970 roku(Badanie utleniających właściwości trójtlenku chromu, nr 5 (85) Warszawa, wyd.PZWS). W 1970 roku przekształcono kierunek Chemii Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku w Instytut Chemii Uniwersytetu Gdańskiego. Wyrazem wzrostu autorytetu Instytutu Chemii UG było uzyskanie w roku 1975 prawa do przeprowadzania na Wydziale Matematyki, Fizyki i Chemii przewodów habilitacyjnych z chemii. W latach 1975-1976, spośród pracowników Instytutu Chemii UG, siedem osób uzyskało stopień doktora habilitowanego i powołanych zostało na stanowisko docenta w tym dr Zygmunt Warnke. W 1972 roku wydano książkę, pt.: ,,Doświadczenia z chemii nieorganicznej” , której jest współautorem (Beniamin Lenarcik, Zofia Matysikowa, Zygmunt Warnke, wyd. I, PZWS, Warszawa). Kolejną książkę, pt.: ,,Doświadczenia chemiczne dla szkół średnich”, której jest współautorem wydano w 1984 roku(Zofia Matysikowa, Romuald Piosik, Zygmunt Warnke, wyd. II, WSiP, Warszawa).
W latach 1987-1989 doc. dr hab. Zygmunt Warnke był kierownikiem Zakładu Dydaktyki Chemii. W roku akademickim 1989/90 został kierownikiem Zakładu Chemii Nieorganicznej. W trudnym okresie lat 80-tych pracownicy Instytutu Chemii włączyli się w działania opozycyjne w strukturach działających w UG. W roku 1991 Instytut Chemii UG wydzielił się od Wydziału Matematyki, Fizyki i Chemii i utworzył samodzielny wydział. W pierwszym roku działalności Wydziału Chemii UG (1991/ 92), w myśl nowej ustawy Zygmunt Warnke i 5 innych docentów powołanych zostało na stanowiska profesorów nadzwyczajnych Uniwersytetu Gdańskiego. Prof. nadzw. UG dr hab. Zygmunt Warnke w 1994 roku uzyskał tytuł naukowy profesora.
Od roku akademickiego 1996/97 Wydział Chemii UG podzielony został na 5 katedr i 9 zakładów w tym 4 zakłady samodzielne. Kierownikiem Katedry Chemii Nieorganicznej był prof. dr hab. Zygmunt Warnke. W ramach badań własnych w 2001 na Uniwersytecie Gdańskim realizował temat: ,,Kompleksy wybranych jonów metali przejściowych w modyfikowanych organicznie kserożelach tlenkowych”. W 2006 roku połączono Katedrę Chemii nieorganicznej (kierownik- prof. Zygmunt Warnke) z Zakładem Chemii Ogólnej (kierownik prof. Lech Chmurzyński). Na jej kierownika powołano prof. dr hab. inż. Lecha Chmurzyńskiego. W związku z przejściem 30.09.2006 roku na obowiązkową emeryturę prof. dr hab. Zygmunt Warnke zwrócił się do Rektora Uniwersytetu Gdańskiego dr hab. Andrzeja Ceynowy, prof. UG z prośbą o zatrudnienie w Katedrze Chemii Nieorganicznej w wymiarze 1/2 etatu na rok akademicki 2006/2007. Rada Wydziału Chemii w tajnym głosowaniu poparła wniosek profesora.
Od kilku lat jest przewodniczącym komitetu Okręgowego Olimpiady Chemicznej( celem jest rozwijanie zainteresowania chemią wśród młodzieży Szkół Ponadpodstawowych oraz stymulowanie aktywności i rozwoju naukowego młodzieży uzdolnionej) w Okręgu Gdańskim. Organizatorem Olimpiady Chemicznej jest Polskie Towarzystwo Chemiczne. Profesor Zygmunt Warnke jest autorem skryptu: ,,Obliczenia z chemii ogólnej” (Wyd.Uniwersytetu Gdańskiego,2008), uznanego przez wielu jako najlepszy zbiór zadań jaki został do tej pory wydany. Profesor Warnke jest autorem i współautorem licznych artykułów. Niektóre spośród jego artykułów to:
- "Thermal analysis of bis(tetraethylammonium) tetrachloroferrate(II)", Thermochim. Acta, 2008, 480, 30-34.
- "Thermal properties of tetraethylammonium tetrachloro-, bromotrichloro- and tribromochloroferrates(III)", J. Therm. Anal. Cal., 2007
- "Bis(2 metylquinolinium) tetrachloroferrate(III) chloride", Acta Crystallogr., 2006,
- Preparation and thermal decomposition of halogenometallates. p. II. Tetra- chlorometallates of tris(2,2´-dipyridyl)ruthenium(TT). j. of Thermal Analy- sis,1988 vol. 33 s. 961-967
- Otrzymywanie i rozkład termiczny kompleksów o składzie RU/BPY/3. MCL4 N. Workbook. Hena: Friedrich Schiller UNIV.1987 /T./ 4. C. 54.
Pozostałe artykuły Zygmunta Warnke jakie ukazały się w czasopiśmie,,Chemia w Szkole” to:
- ,,Względna moc kwasów tlenowych” ( nr 2(197), wyd.WSiP, 1993)
- ,,Ołów w środowisku naturalnym” (Z.Warnke, E.Kaczmarek, nr2(202), wyd.WSiP, 1994)
- ,,Selen i jego rola w środowisku naturalnym” ( nr 3(203), wyd. WSiP, 1994)
- ,,Rtęć w środowisku naturalnym” ( nr 2(207), wyd. WSiP, 1995)
- ,, Kadm w środowisku naturalnym” (nr 1(211), wyd.WSiP, 1996)
- ,,Drugie oblicze tlenu” (nr4(224), wyd.WSiP, 1998)